Die Wasserkraft zählt zu den regenerativen Energien. Dies bedeutet jedoch nicht, dass diese Form der Energieerzeugung ökologisch unbedenklich ist. Wasserkraftanlagen sind wegen des Aufstaus, der Störung des Geschiebehaushaltes und des für Fische gefährlichen Turbinenbetriebes kritisch zu beurteilen.

 

Eine weitere wesentliche Belastung stellt auch die Barrierewirkung dar: Querbauwerke wie Wehre und Wasserkraftanlagen sind Sperren und behindern Fische bei ihren Wanderungen. Der Lachs z. B. wandert zum Laichen in die kiesigen, sauerstoffreichen Oberläufe hinauf, der Aal hingegen muss zur Paarung in das Meer abwandern. Auch der genetische Austausch der Populationen zwischen undurchgängigen Wehren ist nicht mehr gegeben. Viele ursprünglich verbreitete Fischarten wie Lachs (Salmo salar), Meerforelle (Salmo trutta trutta) und Aal (Anguilla anguilla L.) sind auch aus diesen Gründen vom Aussterben bedroht. Die Wiederherstellung der ökologischen Durchgängigkeit ist daher ein großes Ziel der Wasserwirtschaft. Vielerorts wurden neue Fischpässe gebaut oder alte optimiert.